Les factures rectificatives que genera WinOmega són documents per substitució, tal com està previst en l'article 13 de Reial Decret 1496/2003, i documentat al manual del programa (secció Facturació> Clients> Canvis, subsecció Factures rectificatives).
En tractar-se de documents que substitueixen l'original, totes les línies de la factura rectificada queden automàticament sense efecte, sent les línies de la factura rectificativa les que ocuparan el seu lloc.
Per això, per anul·lar una operació no heu d'introduir línies negatives que "compensin" l'operació anterior. Només cal eliminar la línia corresponent en generar la factura rectificativa.