Las facturas rectificativas que genera WinOmega son documentos por sustitución, tal como está previsto en el artículo 13 del Real Decreto 1496/2003, y documentado en el manual del programa (sección Facturación > Clientes > Cambios, subsección Facturas rectificativas).
Al tratarse de documentos que sustituyen al original, todas las líneas de la factura rectificada quedan automáticamente sin efecto, siendo las líneas de la factura rectificativa las que ocuparán su lugar.
Por ello, para anular una operación no debe introducir líneas negativas que "compensen" la operación anterior. Basta con eliminar la línea correspondiente al generar la factura rectificativa.